聞いちゃえ広場

sさん、こんにちは。
＞　増額分については双方に意見の相違があり調整をしているところなのですが、基本的に増額と不具合の修理は別であるという考え方に同意してもらえません。
sさんのおっしゃるように、追加工事の清算と不具合の修理は別の問題だと思います。それぞれ別の権利・義務があるものですので、いっしょに考えるべきものではありません。
しかしながら、工務店さんは同じ問題にしたい（する）気持ちも分からなくはありません。sさんの書込みでは「部分的に同意した項目については途中で支払いましたので、こちらとしても増額をまったく認めていないわけではありません」とありますが、工務店さんは未清算分は全く払ってもらえない可能性が高い、と思っていらっしゃるのでしょう。追加工事について具体的にどのようなやり取りがあって、どちらの言い分が正しいのかについては判断できませんが、工務店さんがそのように感じているのは事実のようです。
この状態で、不具合の調整と未清算分の不払いで綱引きをしたとしても、それぞれ有効な対抗手段ですので話はずっと平行線のままでしょう。ただし、時間が長くなると建物の不具合が大きくなったり、生活の不便が生じる可能性があるので、長期化はsさんにとって不利なことです。
現状を打開するには、未清算分の不払いという対抗手段を放棄するか、或いは不具合の調整を工務店さんにやってもらえる権利を放棄するか、このどちらかだと思います（もちろん係争もありますが長期化する恐れもあります）。「追加工事分は同意した部分だけ支払った」ということですが、一旦、全額払います、そうすると工務店さんは不具合の調整を拒む理由がなくなります。追加工事分の話し合いはそれからゆっくりすればいいでしょう。もちろん、全く戻ってこないこともあります。または、不具合の調整を別の工務店に依頼すればsさんの心配事がなくなりますので、追加工事分の話し合いの交渉はsさんが有利な立場になり、ゆっくりと話し合うことができます。もちろん、別の工務店に不具合の調整を依頼するのは有料です。
上記のどちらの方法が良いかは、金額や時間、工務店さんの姿勢なども検討しなければなりませんが、このまま互角の綱引きを繰り返していてもどちらにも動きそうにありませんので、sさんが力を緩めてみるのも一つの策だと思います。