聞いちゃえ広場

トミさん、こんにちは。

窓は採光・通風以外にも家具の設置や動線にも関わってきますし、簡単に変更できませんので十分な検討が必要ですね。
さて、アドバイスになるか分かりませんが、レイアウト計画を立ててみるといいのでは、と思います。図面上で、机やベット、本棚などを配置してみます。その時、スムーズに動けるか、収納の量は十分なのか、そして窓の位置は問題ないか、などをチェックします。子供部屋の広さや将来の間仕切りの設置計画を考慮しますと、多くとも数パターンになると思います。上手くいくレイアウトのパターンが最も多く当てはまる窓の位置が、新築時における最適な窓の位置になるのではないでしょうか。
最も多く当てはまるものが新築時では最適、と考える理由は、部屋の使い方は非常に流動的で予測することが難しいからです。特に子供部屋は難しく、成長にしたがって遊びの場から勉強の場に、そして個性を育む場になり、独立すると空部屋になります。もちろんこのケースに当てはまらないこともありますが、予測できる範囲内のことだけでもかなり多くの使い方があります。これらのすべてを予測すること、また、対応できる部屋を作ることは難しいと思いますので、考えれる範囲内で最も対応力がある（パターンが多い）部屋を作ることがベターではないか、という意図です。
一方、反対の結論もあります。部屋を使い方が予測できないのであれば、長い間、対応できる部屋を作らず、その時々に手を加えて（リフォームして）使いやすい部屋にしていく、という方法もあります。同様に、別の結論もあります。部屋の使い方を予測することは難しいので使い方や住む人によって部屋に手を加えない、つまり部屋を固定しておき、それに住む人が合わせる、という方法です。
いずれの方法がいいのかは住む方の考え方になります。ただ、トミさんのように新築前にご検討いただくといずれの方法を選んだとしても上手くいくと思います。ご依頼されている設計士さんにご相談いただきながら十分にご検討ください。