聞いちゃえ広場

借地権を購入する時点では、建物が建っている状態での取引になるのが一般的です。そのため、諸々の手続きは必要になりますが、いったん古屋付きで借地権を購入し、その後に古屋を解体して新たな建物を建てるというのが一般的な流れになります。
また、完全な事業用建物ではなく、店舗併用住宅をご計画のようですので、現実的には事業用借地権の物件というよりも、通常の借地権として販売されている物件がご検討の対象となるのではないかと思われます。
この場合、地主は非堅固な木造住宅や自身が住むための専用住宅など、建てる建物に関する条件（制限）を設けていることがほとんどです。そのため、店舗併用住宅となると地主から難色を示されることがあるかもしれません。
ただし、最終的には地主の判断による所が大きいかと思いますので、これはという物件があれば不動産会社を通じて交渉をしてみてはいかがでしょうか。