聞いちゃえ広場

さかえださん、こんにちは。
 
すでにお引渡しを受け、お住まいになられているご様子ですので、現状を起点にして、これからどのようにできるだけ望ましい形に近づけていくか、をお考えいただくのがよろしいのではないかと思います。
テラス囲いだけのことを考えれば、建物を一部壊すのも選択肢の１つかもしれませんが、建物を大きく傷つけてしまうのもあまり得策ではないと思います。
ただし、ご不満が残る部分は、工務店さんに率直にお伝えしてください。その上で、当初のお考えが達成できなくなってしまった部分は、妥協案の見積り金額から減額の交渉をされるなど、さかえださんがご納得のいくお考えを工務店さんに示されてはいかがでしょうか。
さかえださんもおっしゃるように、今後も永くお付き合いをされていく相手ですので、過剰に事を荒立てる必要はないと思いますが、一方で、わだかまりを持ったまま永くお付き合いしていくのも良くないのではないかと思います。